Το GeoGebra δημιουργήθηκε από τον Markus Hohenwarter το 2001, ως μέρος της μεταπτυχιακής εργασίας του για το Μεταπτυχιακό πρόγραμμα «Μαθηματικά της Εκπαίδευσης και της Επιστήμης των Υπολογιστών» στο Πανεπιστήμιο του Σάλτσμπουργκ της Αυστρίας. Με υποτροφία από την Αυστριακή Ακαδημία Επιστημών συνέχισε την ανάπτυξη του λογισμικού ως μέρος της διδακτορικής διατριβής του στον χώρο της Μαθηματικής Εκπαίδευσης. Κατά την περίοδο αυτή, το πρόγραμμα GeoGebra κέρδισε πολλά διεθνή βραβεία και μεταφράστηκε από εκπαιδευτές και καθηγητές μαθηματικών από όλο τον κόσμο σε περισσότερες από 25 γλώσσες.
Από το 2006 το πρόγραμμα GeoGebra υποστηρίζεται από το αυστριακό Υπουργείο Παιδείας έτσι ώστε να διατηρηθεί η ελεύθερη διαθεσιμότητα του. Τον Ιούλιο του 2006, το πρόγραμμα GeoGebra άρχισε να υποστηρίζεται και στις ΗΠΑ, όπου η ανάπτυξη του συνεχίζεται στο Florida Atlantic University.
Hohenwarter, M. & Preiner, J. (2007), Dynamic Mathematics with GeoGebra, The Journal of Online Mathematics and Its Applications, Volume 7.